花莲港是「洄澜港」的谐音。清朝嘉庆十七年（西元1812年），部份汉人开始从宜兰移垦，见岸际溪水日夜奔注，时刻与海浪冲击而形成萦回的状态，遂称之为「洄澜港」。「洄澜港」谐音为「花莲港」则见於清同治十三年（西元1874年），沈葆桢奏请开後山路、设抚垦委员：「分东台为三路，以总兵吴光亮办之。南为卑南，中为璞石阁，北为花莲港。」又：「木瓜最悍，以穷来源，乃以宣武左右两军，分成东澳、大南澳、大浊水、得其黎、新城、加礼宛、花莲港、吴全城等，以备不虞。」花莲港之名由此而来。
在台湾日治时期，1931年苏澳镇与花莲港间道路修筑完成（现今苏花公路，为台9线的一段），使得花莲港与台湾北部地方的陆路联系为之畅通，然而在货物的运输仍未见方便。台湾总督府认为此问题未能解决，东台湾的运输设施仍无法臻至完备，对地方开发仍存在极大的障碍。
因此，自同年度起8年之间，以总经费742万日圆开始修筑花莲港街（米仑，现名花莲美仑）的商港，1939年完成了三座码头，可供3000吨级货轮停泊。1940年东部水力发电完成，计画大量设立铝业、电气、氮气、金属精炼等临港工业，扩建港口殊感需要，乃以500万日圆开始第二期筑港工程，预定於1944年竣工，但因太平洋战争关系，工程无形停顿。
花莲港距太平洋主航道仅需二个小时，而太平洋主航道是世界航运最频繁之航道，就由此可见其重要性了。而花莲港的存在对於花莲经济有着重要的地位，许多位於花莲的大企业均是因有花莲港而设於此，如中华纸浆厂、台湾水泥、亚洲水泥及不少的大理石材厂等，足以显示海洋运输的便利。这也直接、间接的对增加花莲人的就业机会有着极大的贡献。
花莲港从战後初期的满目疮痍，每年装卸量只有几十万吨，进港船只只有几百艘，直到公元2000年为止，每年装卸量已有一千七百多万吨，进港船只已达两千馀艘的营运情形；从亏损到盈馀，达成带动台湾东部经济的任务，并成为国际闻名的商港，可说是稳健进步。目前配合政府执行「东砂西（北）运」政策，纾解北部地区砂石短缺的问题，但近年来由於邻近的位於秀林乡和平村的和平水泥专用港开始营运，花莲港的运量则开始略有衰退。
在2001年与日本石垣港缔结为姊妹港。